Базовые научно-исследовательские институты Механико-математического факультета НГУ:
- Институт вычислительной математики и математической геофизики СО РАН
- Институт вычислительных технологий СО РАН
- Институт гидродинамики им. М.А. Лаврентьева СО РАН
- Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН
- Институт систем информатики им. А.П. Ершова СО РАН
- Институт теоретической и прикладной механики им. С.А. Христиановича СО РАН
Механико-математический факультет НГУ сотрудничает со следующими научно-исследовательскими институтами:
- Институт автоматики и электрометрии СО РАН
- Институт горного дела им. Н.А. Чинакала СО РАН
- Институт катализа им. Г.К. Борескова СО РАН
- Институт нефтегазовой геологии и геофизики им. А. А. Трофимука СО РАН
- Институт теплофизики им. С.С. Кутателадзе СО РАН
- Институт цитологии и генетики СО РАН
- Институт экономики и организации промышленного производства СО РАН
- Институт ядерной физики им. Г.И.Будкера СО РАН
- Конструкторско-технологический институт вычислительной техники СО РАН
- Научный центр клинической и экспериментальной медицины СО РАМН