Кафедра алгебры и математической логики НГУ создана в 1960 году.

Основатель кафедры и первый заведующий - академик А.И.Мальцев. Затем кафедрой руководил чл.-корр. АН СССР М.И.Каргаполов. Одним из "отцов" кафедры являлся также чл.-корр. АН СССР А.И.Ширшов. С 1977 года по 2003 год кафедрой руководил её выпускник академик РАН Ю.Л.Ершов. С 2003 года кафедрой руководит чл.-корр РАН В.Д.Мазуров.

Специализация по алгебре и математической логике ведётся с 1963 года.